【FFRK】超進化ってした方がいいですか？

そのシリーズの装備が潤沢(あまりないならバラで使用したほうが良さげ)
対象の装備が常時属性強化が付いている(特に強化なしの★5は恩恵薄)
対象の装備が武器である(防具の超進化は余裕がある方向け)
ギルを十分に保持している(超進化は大量のギルが必要。特に★6)
ナイトメアや魔石に挑めるレベルに達している

判断するとしたらこの辺りでしょうか。
超進化が必要な程のコンテンツは主に魔石やナイトメア等の高難度ダンジョンくらいなのでそれに挑む段階でないのなら様子見でも良いと思いますよ。

質問者の前提によります。
まず無課金プレイなら装備は充実してないハズなので
重ねず別個として強化しPT全体の戦力アップをしたほうが良いでしょう。
このゲームは一人だけ突出しても勝てません。

そのシリーズの装備が揃ってるならば重ねましょう。
解放できねば勿体ないです。
欲を言えば常時強化装備品が良いですね。共鳴時効果は魔石Dでアレなので。
このゲームは一人だけ突出したアタッカーを支えるために他の四人がいます。

常時の属性強化武器は超進化させてロゼッタ全開にすると超使えます。特にロッド。
次点で☆６装備のない武器種（超進化することでその装備カテゴリーで最高攻撃力になるもの）は使う機会が結構出てきます
逆に☆５の時点で弱い装備は超進化の恩恵が少ないです。

防具はどんどん超進化させたほうがいいです。大体使います。

自分はいくつか超進化をさせているので、超進化して感じたメリットを書きます。まぁ、個人の感じたことなのであくまで１つの意見として捉えてください。
1 魔力、精神装備にかなり恩恵がある気しました。物理は減衰があるので、減衰に到達しにくい魔力、精神装備なら超進化させることで恩恵が大きくなる気します。
2 鍛錬MAXまで行くと☆5共鳴装備よりステータスが高い場合もある。
正直、メリットよりまず大量のギルを消費するので、共鳴装備が充分というシリーズの装備から超進化させる感じがいいかも知れません。超進化させて一番役に立つなと感じたのは自分の場合、オニオンナイトの悠久の杖でした。魔力がフル鍛錬含め173精神が131と高いので共鳴しないシリーズでも役に立ちます。ロッドだったら最高だったのですが(苦笑)
後は装備によって超進化させて強化レベルが5上がっても大して変化しない装備とかもあるので、その装備のレベル35でのステータスを調べてから判断する、というカタチにすると賢明かも知れません。ちなみに剣は何本か超進化しましたが、純正☆6剣にフツーに勝てない気がしました。

そのシリーズの共鳴武器、防具が揃っていないのならやめておくのが良いと思います。十分揃っているのであればありかな？